Mikrobiologia metaboliczna, wirusologia i retrowirologia

Metabolizm człowieka i zmiany klimatyczne mogą modulować ewolucję superbakterii i pojawiających się wirusów. Błonnik pokarmowy i ludzkie leki - antybiotyki i nieantybiotyki - mogą modulować florę jelitową, powodując wzrost kolonii i endosymbiozę, powodując zmiany klimatyczne, ewolucję superbakterii i nowych wirusów oraz tworząc fenotyp choroby. Dieta o niskiej zawartości błonnika pokarmowego ze zwiększoną zawartością białka i tłuszczu prowadzi do stymulacji wzrostu endosymbiotyków i kolonii. Archaiki jelita grubego poprzez selekcję naturalną i wymianę DNA/genów z innymi organizmami kolonialnymi i endosymbiotycznymi przenoszą geny odporności na antybiotyki do innej flory jelita grubego. Archaiki jelita grubego generują również wiroidy RNA, które są przekształcane na wiroidy DNA przez nabłonek jelita grubego HERV odwrotną transkryptazą i integrowane z genomem jelita grubego. Wiroidy RNA i DNA hybrydyzują się z populacją wiroidową i bakteryjną mikrobiomu jelita grubego oraz wirobomowego DNA i RNA jelita grubego, prowadząc do wytworzenia nowych, pojawiających się wirusów.