Baza Danych Ligandów Białek

Niniejsza praca stanowi opis zrealizowanych przez autora projektów dotyczących zagadnienia wspomaganego komputerowo projektowania leków. Projekty będące tematem pracy to baza danych ligandów białek LIGANSdb oraz program do analizy rozkładu oddziaływań w białku o nazwie PDP 1.0 (Potencial Density In Protein). LIGANDSdb to serwis internetwy dostępny pod adresem http://crick.cm-uj.krakow.pl/ligandsdb. LIGANDSdb posiada dwa rodzaje przeszu-kiwania zasobów: przeszukiwanie po nazwach białek dostarczające listy ligandów, które wiąż się z daną proteiną oraz przeszukiwanie po nazwach ligandów którego rezultatem jest lista białek, do których dany ligand się wiąże. Dodatkowo przy każdym białku załączona jest informacja o pełnionej funkcji biologicznej oraz o kodzie EC białka jeżeli kod taki posiada. Serwis ten powstał w oparciu o bazę danych PDB, a konkretnie w oparciu o ok. 25 tys. struktur kompleksów białko ligand. PDP 1.0 to program do analizy rozkładów oddziaływań w białku z naciskiem na ob-szar miejsca wiążącego ligand.