Epidemiologia molekularna

W tej książce zbadano częstość występowania różnych serotypów, grup filogenetycznych, oporności na antybiotyki, genów oporności na antybiotyki (ARG) oraz pozajelitowych genów wirulencji izolatów Escherichia coli z tropikalnego ujścia rzeki w południowo-zachodniej części Indii. W okresie od czerwca 2009 do lutego 2013 wyizolowano łącznie 300 szczepów E. coli z pięciu różnych stacji w ujściu rzeki Cochin. Łącznie 225 próbek wody poddano analizie metodą MPN na obecność bakterii z grupy E. coli w kale. Biochemicznie potwierdzone hodowle E. coli zostały poddane serotypom w National Salmonella and Escherichia Center, Central Research Institute, Kasauli, Himachal Pradesh, Indie. Identyfikacji molekularnej E. coli dokonano poprzez amplifikację genu uidA. Fylogenetyczne grupowanie izolatów E. coli oznaczono metodą PCR triplex. Częstość występowania oporności na antybiotyki wśród izolatów E. coli oznaczono metodą dyfuzji krążkowej i indeksowania wielokrotnej oporności na antybiotyki (MAR).